毛泽东在早年的时候，就曾在《讲堂录》笔记中写道：“医道中西，各有所长。中言气脉，西言实验。然言气脉者，理太微妙，常人难识，故常失之虚。言实验者，求专质而气则离矣，故常失其本，则二者又各有所偏矣。”
应该说，毛泽东这段话把中医和西医的区别讲得很清楚，西医重实验，却只观察到了表象，却失去了根本，而中医则讲关系，重气理，它无形无象，难以把握。既然各有所偏，当然中医和西医结合起来就更好，它们能够互相弥补其偏。
毛泽东是这样说的，也是这样做的，他长期重视中西医结合，如在井冈山斗争时期，毛泽东就提出“草医草药要重视起来”。在当时井冈山医院医生和药源都极为缺乏的情况下，他及时指导医院“用中西两法治疗”，广泛利用当地流传的中医单方和当地出产的草药，内服外敷，治愈了许多伤病员。 在抗日战争和解放战争时期，对于如何对待中国传统医学的问题，毛泽东多次作出重要指示。1940年在纪念白求恩逝世一周年大会上，毛泽东强调必须团结中医，发挥中医的作用。1944年10月30日，毛泽东在陕甘宁边区文教工作者会议上发表演讲：“陕甘宁边区的人、畜死亡率都很高，许多人民还相信巫神。在这种情形之下，仅仅依靠新医是不可能解决问题的。新医当然比旧医高明，但是新医如果不关心人民的痛苦，不为人民训练医生，不联合边区现有的一千多个旧医和旧式兽医，并帮助他们进步，那就是实际上帮助巫神，实际上忍心看着大批人畜的死亡。”边区人民政府为此广泛发动医务界执行毛泽东的指示，中西医与药铺密切合作，提倡中医科学化、西医中国化，有力地促进了中西医团结合作。毛泽东本人也曾因患风湿性关节炎，特请精通中医的李鼎铭到杨家岭给他看病。当二人谈到中国医学如何发展时，李鼎铭认为，中西医各有长处，只有团结才能求得进步。毛泽东说：“你这个想法好，以后中西医一定要结合起来。”这是毛泽东根据中国国情、民情以及中西医并存的实际情况得出的科学论断，对之后新中国一系列医药卫生工作政策的制定具有潜在的影响。
新中国成立后，全国卫生形势非常严峻：疫病丛生，缺医少药，医疗卫生条件非常落后。当时全国西医仅有2万多人，中医虽有几十万人，但却不能正常发挥作用。全国约有80%的病人未得到正规的医疗帮助。为改变这种局面，1949年9月，毛泽东在接见全国卫生行政人员代表时，从保护和发展中医药的角度着重指出，只有很好地团结中医，提高中医，搞好中医工作，才能担负起几亿人口艰巨的卫生工作任务。不仅如此，毛泽东还对中医的贡献给予了很高评价。1953年12月底，毛泽东在杭州刘庄宾馆小憩时说：“中国对世界有三大贡献，第一是中医。” 中医各种学派、各家学说的不断发展，汇集成一个独具中国特色的学术巨流，对现代医学的发展大有借鉴之处。毛泽东把中医放到中国对世界的一大贡献的高度，足见他对中医非常重视。
可是，在建国后很长一段时间内，毛泽东提出的“团结中西医”的卫生工作方针未被认真贯彻执行，在很多方面对中医药采取了不适当的限制，严重影响了中医药的发展和提高。最典型的就是新中国第一届全国卫生工作会议，余云岫再次抛出中医是“封建医”的观点，并得到了卫生部副部长贺诚和王斌两位重要官员的支持。贺诚曾是东北野战军卫生部部长，有过红军“第一把刀”之称。
1951年，以贺诚、余云岫的精神起草的中医管理条例在全国施行，条例规定，如果西医基础课两次考试不合格的中医，将取消行医资格。可想而知，那些只知阴阳五行、不懂人体解剖的中医郎中如何狼狈地应付考试，90%以上的中医都不及格。1953年全国92个大中城市和165个县登记、审查合格的中医只有1.4万多人。山西省运城专区18个县，竟没有一名合格中医。天津市中医水平是比较高的，但参加考试的530多个中医只有55个合格。江西省卫生厅1950年和1951年先后进行了两次全省中医师登记审查换发执照工作，总登记人数为8728人，而被承认为正式中医师的仅424人，审定为临时中医师的3648人，其余实际上被取消了行医资格。
针对上述中医药发展过程中出现的问题，毛泽东多次对卫生部的工作提出批评和指示，并果断地撤了卫生部两个副部长贺诚和王斌的职。为了加强中医工作，在卫生部成立了中医司，著名中医吕炳奎任第一任中医司司长。这位司长在位期间，中医获得了空前的发展：创办了首批五所中医院校，北京中医研究院和各地的中医院也先后建立起来。于是近两千年没有发展和进步的中医，终于在新中国成立后“蓬勃发展”起来。
针对这次反对中医的浪潮，毛泽东强调：中西医团结问题没有做好，原因是西医存在很大问题，主要是西医有宗派作风。西医传到中国来以后，有很大一部分人就把中医忽视了。必须把中医重视起来。中医问题，关系到几亿劳动人民防治疾病的问题，关系到我们中华民族的尊严、独立和提高民族自信心的一部分工作。我们中国的医学，历史十分悠久，有丰富的内容，当然也有糟粕。中国人口能达到6亿，这里面中医就有一部分功劳。西医是近代的，有好的东西。但什么都是“舶来品”好，这是奴化思想的影响。西医要跟中医学习，具备两套本领，以便中西医结合，有统一的中国新医学、新药学。这些工作一定要制定出具体措施。经过一系列努力，1956年11月27日，卫生部宣布废除《中医师暂行条例》，12月13日，卫生部又宣布废除《中医师暂行条例实施细则》和《医师、中医师、牙医师、药师考试暂行办法》，开始大力开展和推进中医工作。 这就为中医药的正常发展提供了保证。 
1956年8月24日，毛泽东在一次谈话中更准确地阐述了他关于中西医结合的思想： “就医学来说，要以西方的近代科学来研究中国的传统医学的规律，发展中国的新医学。”“要把外国的好东西都学到。比如学医，细菌学、生物化学、解剖学、病理学，这些都要学。也要把中国的好东西都学到。要重视中国的东西，否则很多研究就没有对象了。”“中国的和外国的要有机地结合，而不是套用外国的东西。学外国织帽子的方法，要织中国的帽子。外国有用的东西，都要学到，用来改进和发扬中国的东西，创造中国独特的新东西。搬要搬一些，但要以自己的东西为主。”毛泽东的上述思想，在中共八大上得到了充分肯定。《中国共产党第八次全国代表大会关于政治报告的决议》认为：“对于我国过去的和外国的一切有益的文化，必须加以继承和吸收，并且必须利用现代的科学文化来整理我国优秀的文化遗产，努力创造社会主义的民族的新文化。” 后来，毛泽东在艰辛地探索中国社会主义建设道路的过程中，又对中西医结合的问题阐发了许多重要思想，在我国医药卫生界产生了深远影响。
其二，开展西医学习中医运动。毛泽东不仅从卫生制度建设的角度，提出了真正实现中西医相结合从而取消中西医界限，创造中国统一的医学文化的问题，而且他还提出中西医结合的中心环节，即首先要西医学习中医，而不是中医学习西医。他认为，西医学习中医是光荣的，因为经过学习与提高，就可以把中西医界限取消，成为中国统一的医学，以贡献于世界。对此，毛泽东还对西医学习中医、发展和繁荣中医提出了具体的建议和要求，如抽调100—200名医学院校毕业生，集中学习知名中医的临床经验，而且特别强调要抱着虚心的态度去学；再如，各医院还要有计划地请中医来院看病和会诊，允许住院病人用中药。 1958年10月11日，毛泽东在给杨尚昆的信中谈到西医离职学习中医的问题， “我看如能在1958年每个省、市、自治区办一个70—80人的西医离职学习班，以两年为期，则在1960年冬或1961年春，我们就有大约2000名这样的中西结合的高级医生”。可以看出，毛泽东不仅明确地阐述了中国医学文化发展应走的道路，而且还明确提出了西医学习中医的具体实施意见。 
其三，发掘和整理中医典籍。毛泽东强调，继承和发展中医药事业，首先要重视中医典籍整理。为此，要组织在理论和经验上造诣很深的知名老中医，整理历代有代表性的中医典籍，并将他们对中医理论的认识和临床宝贵经验整理传授。根据这一思想，1956年中国中医研究院成立伊始即组织专家整理中医典籍，并编写中医教材9种，成为西医学习中医以及进行中医教育的重要参考书。在此基础上，1960年，卫生部组织北京、上海、广州等5所中医学院，又编写了《中国医学史讲义》、《医古文讲义》、《中医诊断学讲义》、《中药学讲义》、《中医方剂学讲义》、《中医内科学讲义》、《针灸学讲义》、《中医妇科学讲义》、《中医儿科学讲义》等。同时，卫生部还先后以科研任务的形式面向全国进行招标，对中医古籍进行整理和修订，使许多古代医学典籍得以出版，从而为培养全面、系统掌握中医理论和临床技能的高级专门人才提供了方便。 
应该说，如果没有毛泽东对中医的重视，恐怕中医的现状比现在要惨得多。毛主席非常重视中医药的发展，他不仅提出了一系列发展中医药的重要思想，还直接对中医药工作的实践进行具体的指导。他高度评价中医药的现实价值，认为中医药是中国对世界的一大贡献；发现并纠正了新中国成立后一段时期内轻视、歧视和排斥中医药的错误；从宏观上提出了一些促进中医药发展的措施，指明了中医药发展的路径。这些思想和措施推动了中医药事业的发展和进步，为新中国医药卫生事业的蓬勃发展作出了重要贡献。