《石室秘录》为清代著名医家陈士铎编著。陈士铎，字敬之，号远公，别号朱华子，自号大雅堂主人，浙江绍兴人。明末清初著名医家。约生于明天启年间，卒于清康熙前期。陈氏一生著述颇多，据嘉庆八年《山阴县志》记载，陈氏传世之作近20种，但今存世的仅6种。
《石室秘录》是中医古籍中唯一一部以治法为主要内容和标目的著作。全书分6卷，依次分为礼、乐、射、御、书、数六集，各集之中以治法为目。其中，礼集中载14种治法，乐集载30种治法，射集中载39种治法，御集中载33种治法，书集中载12种治法和17论，数集中载有7大类疾病（7门）和16种杂病。全书论述总计128法、17论、7门、16杂病，·内容闸述了内、外、妇、儿、五官等100种左右疾病的证治，收古今成方及作者自定方500余首，其中大多处方为白裁，是中医古籍中理论联系实际、理法方药俱备的治法专著。
本书对中医基础理论及临床各科疾病诊断治疗的理法方药做了系统的梳理和总结，对中医基础理论，特别是阴阳互根、五行生克制化、五脏相关、气血相关、命门相火等学说都有精辟的论述。例如：提出“偏治者，乃一偏之治法，譬如人病心痛，不治心而偏治肝；譬如病在上而偏治下；譬如病在右而偏治左；譬如病在四肢手足，而偏治腹心也”，并具体指出了心病治心包之法，上焦火而下治肾之法，对《内经》五脏相关理论颇多发挥。该书重视辨证的灵活性，立方处方，味少而精，量大力宏，颇多独到之处，如“正医法”治肺痈方，金银花用至3009，发挥其清热解毒之力，使肺金得清，则痈脓得除；“通治法”治下痢方白芍、当归各用至909，正合“行血则便脓自愈”的治疗原则。
转帖：陈士铎对阴阳五行学说的理解
陈士铎对阴阳五行学说的理解，丰富和发展了中医的理论，成为他认识生命、认识疾病和辨证论治的指导思想。他对阴阳五行学说认识，在他的全部著作中运用的非常普遍，并成为他辨证论治的精髓。
在首先，他对阴阳学说的理解，提出“阴阳颠倒”说。什麽是阴阳颠倒？他解释说：“乾坤之道，不外男女，男女之道，不外阴阳，阴阳之道，不外逆顺。顺则生，逆则死也。阴阳之原，即颠倒之术也。世人皆顺生，不知顺之有死；皆逆死，不知逆之有生，故未老先衰矣。” (《外经微言》) 他认为，阴阳本为一体，所以逆顺可以转化。就常道而言，顺阴阳则生，逆阴阳则死，但就其本原来看，阴阳本为一体，逆顺可以转化，顺中有死，逆中有生，这即是阴阳颠倒。《素问‧四气调神大论》说：“从阴阳则生，逆之则死，从之则治，逆之则乱，反顺为逆，是为内格。”《黄帝内经》中对于逆顺的论述，包括了天地、阴阳、四时、生机、疾病、治疗等，其中包含了阴阳转化的思想，但陈氏在这里则从阴阳发生的角度，更具体的说明了阴阳的互根的关系。接著，他又在“逆顺探原”一篇中用五行生克的理论进一步说明了阴阳的这种转化关系。他说：“阴阳之原者，即生克之道也；颠倒之术者，即顺逆之理也。知颠倒之术，即可知阴阳之原矣。”随即又用五行来说明事物生克顺逆的关系，他说：“五行顺生不生，逆死不死。生而不生者，金生水而克水，水生木而克木，木生火而克火，火生土而克土，土生金而克金，此害生于恩也。死而不死者，金克木而生木，木克土而生土，土克水而生水，水克火而生火，火克金而生金，此仁生于义也。夫五行之顺，相生而相克；五行之逆，不克而不生。”
以五行配天地万物与人，其变化是无穷无尽的，而变化的核心，即生克二字。以具体的五行生克关系，来说明抽象的阴阳颠倒的概念，这也是理解陈氏所提出的“顺生不生，逆死不死”关键。所以，他在《外经微言‧五行生克篇》又进一步解释说：“心肝脾肺肾配火木土金水，非人身之五行乎。雷公曰：请言其变。岐伯曰：变则又何能尽哉，试言其生克。生克之变者，生中克也，克中生也，生不全生也，克不全克也，生畏克而不敢生也，克畏生而不敢克也。雷公曰：何以见生中之克乎？岐伯曰：肾生肝，肾中无水，水涸而火腾矣，肝木受焚，肾何生乎。. . . 雷公曰：何以见克中之生乎？岐伯曰：肝克土，土得木以疏通，则土有生气矣。脾克水，水得土而畜积，则土有生基矣。肾克火，火得水以相济，则火有神光矣。心克金，然肺金必得心火以煅炼也。肺克木，然肝木必得肺金以斩削也。非皆克以生之乎。雷公曰：请言生不全生。岐伯曰：生不全生者，专言肾水也。各脏腑无不取资于肾，心得肾水而神明焕发也，脾得肾水而精微化导也，肺得肾水而清肃下行也，肝得肾水而谋虑决断也，七腑亦无不得肾水而布化也。然而取资多者，分给必少矣，亲于此者疏于彼，厚于上者薄于下，此生之所以难全也。雷公曰：请言克不全克。岐伯曰：克不全克者，专言肾火也。肾火易动难静，易逆难顺，易上难下。故一动则无不动矣，一逆则无不逆矣，一上则无不上矣。腾于心，燥烦矣；入于脾，干涸矣；升于肺，喘嗽矣；流于肝，焚烧矣；冲击于七腑，燥渴矣。然肾火乃雷火也，亦龙火也，龙雷之火，其性虽猛，然聚则力专，分则势散，无乎不克，反无乎全克矣。陈士铎曰：五行生克，本不可颠倒，不可颠倒而颠倒者，言生克之变也。篇中专言其变而变不可穷矣，当细细观之。”此论五行生克，特别强调肾火的作用，这是陈士铎重视肾火的一个方面。
此中生不全生是专言肾水，克不全克是专言肾火，是陈士铎重肾中之水火理论依据。这种生克关系，与《黄帝内经》中所论述的五行生克关系有所不同。可以看出，这种认识，是对《内经》五行生克理论的丰富和发扬。陈士铎的这种思想，不是空洞的说教，而是贯穿于他的全部著作子中。如《石室秘录‧论五行》中说：“五行火木土金水，配心肝脾肺肾，人尽知之也。然而，生中有克，克中有生，生不全生，克不全克，生畏克而不敢生，克畏生而不敢克，人未必尽知之也。何以见生中有克？肾生肝也，肾之中有火存焉，肾水干枯，肾不能生肝木矣，火无水制，则肾火沸腾，肝木必致受焚烧之祸，非生中有克乎。治法当急补其肾中之水，水足而火以息，肾不克木，而反生木矣。. . . 以上五者，言生中有克，实有至理，非漫然立论。倘肾中无水，用六味地黄丸汤，大剂与之。肝中无水，用四物汤。心中无水，通用天王补心丸。心包无水，用归脾汤。脾胃无水，用六君、四君。肺经无水，用生脉散。举一而类推之可也。. . .此五行之妙理，实医道之精微。颠倒神奇至此，实有至理存乎其中，用之却有效。莫惊言过创辟可喜，而难见施行也。”
后人称陈士铎的学术思想，最突出的就是善于辨证。他之善于辨证，正是基于这种思想。例如《石室秘录‧脏治法》说：“二脏合而治之者，其义又何居？肾，水脏也；心，火脏也。是心肾二经为仇敌，似乎不宜牵连而一治之。不知心肾虽相克，其实相须。无心之火，则成死灰，无肾之水，则成冰炭，心必得肾水以滋养，肾必得心火而温暖。如人惊惕不安，梦遗精泄，岂非心肾不交乎。人以为惊惕不安，心之病，我以为肾之病；梦遗精泄，人以为肾之病，我以为心之病。非颠倒之也，实至当不易之理。”
《石室秘录‧逆医法》中又说：“盖人生肺气，夜卧必归气于肾中，此母居子舍之义也。今因色欲过度，肾水大耗，肺金日去生之。久之，则不特肾水虚，而肺金亦虚。譬如家有浪子，日费千金，母有积蓄，日日与之，倾囊倒箧，尽数交付其子，后将安继？是子贫而母亦贫矣。一遇外侮之侵，将何物解纷？而外侮又复恐吓之，逃之子舍，以避其锋，而子家贫乏，无以奉母，又必仍复还家，以受外侮之凌逼，势不至死不已。今肾水既亏，而肺金又耗，外受心火之伤，中受肝木之横，脾土又不来生水，则转辗难藏，于是仍返而上喘。幸有一线元阳未绝，所以不死。苟不大剂急救其肾，使贫子来偷窃，又何以肺金有养哉。况贫子暴富，不特母家亦富，而外侮亦不敢欺凌矣，此不治肺而正所以治肺也。”
陈士铎以阴阳颠倒、五行生克的理论通论脏腑的生克关系，其核心内容无非是要求临证应注意灵活变通。也就是说，一脏之病，往往兼数脏治之；一经之病，每每兼数经以治；此经之邪，或向别经而求，用药亦不可过于拘泥。正如他在《辨证录‧凡例》中所说的“各门辨证，专讲五行生克之理，生中有克，克中有生，经权常变，颠倒纷纭，贵人善读之耳”。《脉诀阐微》说：“脏腑之病，虽各不同，要不外五行之生克，逢生则病易愈也，逢克则病难痊也，我生则泄我之气，我克则劳我之神。脏腑为战争之地，胸腹为角斗之场，敌则扫除，而斩杀甚多，伤损必过矣。调停于生克之间，和解于败亡之内；仍于金木水火土而善用之也。”观此，即可以明白陈氏善用五行生克之深意。
 
“论五行”原文
雷公真君曰∶五行火木土金水，配心肝脾肺肾，人尽知之也。然而，生中有克，克中有生，生不全生，克不全克，生畏克而不敢生，克畏生而不敢克，人未必尽知之也。何以见生中有克？肾生肝也，肾之中有火存焉，肾水干枯，肾不能生肝木矣，火无水制，则肾火沸腾，肝木必致受焚烧之祸，非生中有克乎。治法当急补其肾中之水，水足而火息，肾不克木，而反生木矣。肝生心也，肝之中有水存焉，肝火燥烈，肝不能生心火矣，木无水养，则肝木焦枯，心火必有寒冷之虞，非生中有克乎。治法当急补其肝中之水，水足而木旺，肝不克火，而反生火矣。心中之火，君火也，心包之火，相火也，二火之中，各有水焉。二火无水，则心燔灼而包络自焚矣，又何能火生脾胃之土乎。火无所养，则二火炽盛，必有燎原之害，此生中有克，不信然乎。治法当补其心中之水，以生君火，更当补其肾中之水，以滋相火。
水足而二火皆安，不去克脾胃之土，而脾胃之土自生矣。脾土克水者也，然土必得水以润之，而后可以生金。倘土中无水，则过于亢热，必有赤地千里、炼石流金之灾，不生金而反克金矣。治法当补其脾阴之水，使水足以润土，而金之气有所资，庶几金有生而无克也。肺金生水者也，然金亦必得水以濡之，而后可以生水，倘金中无水，则过于刚劲，必有 炼太甚，崩炉飞汞之忧，不生水而反克水矣。治法当补其肺中之水，使水足以济金，而水之源有所出，庶几水有生而无克也。以上五者，言生中有克，实有至理，非漫然立论。倘肾中无水，用六味地黄丸汤，大剂与之。
肝中无水、用四物汤。心中无水，用天王补心丸。心包无水，用归脾汤。脾胃无水，用六君、四君。肺经无水，用生脉散。举一而类推之可也。
何以见克中有生乎？肝克土也。而肝木非土，又何以生。然而肝木未尝不能生土，土得木以疏通，则土有生气矣。脾克水也，而脾土非水，又何以生。然而脾土未尝不生水，水得土而蓄积，则水有根基矣。肾克火也，而肾水非火不能生，无火则肾无温暖之气矣。然而心火必得肾水以生之也，水生火，而火无自焚之祸。心克金也，而心火非金不能生，无金则心无清肃之气矣。然而肺金必得心火以生之也，火生金，而金无寒冷之忧。肺克木也，而肺金非木不能生，无木则金无舒发之气矣。然而肝木必得肺金以生之也，金生木，而木无痿废之患。以上五者，亦存至理，知其颠倒之奇，则治病自有神异之效。
何以见生不全生乎？肾生肝也，而不能全生肝木。盖肾水无一脏不取资也。心得肾水，而神明始焕发也；脾得肾水，而精微始化导也；肺得肾水，而清肃始下行也∶肝得肾水，而谋虑始决断也∶六腑亦无不得肾水，而后可以分布之。此肾经之不全生，而无乎不生也。
何以见克不全克乎？肾克火也，而不至全克心火。盖肾火无一脏不焚烧也。心得肾火，而躁烦生焉；脾得肾火，而津液干焉；肺得肾火，而喘嗽病焉；肝得肾火，而龙雷出焉；六腑亦无不得肾火，而燥渴枯竭之症见矣。此肾经之不全克，而无乎不克也。
何以见生畏克而不敢生乎？肝木本生心火也，而肝木畏肺金之克，不敢去生心火，则心气愈弱，不能制肺金之盛，而金愈克木矣。心火本生胃土也，而心火畏肾水之侵，不敢去生胃土，则胃气转虚，不能制肾水之胜，而水益侵胃土矣。心包之火本生脾土也，而心包之火畏肾水之泛，不敢去生脾土，则脾气更困，不能伏肾水之凌，而水益欺脾土矣。脾胃之土，所以生肺金也，而脾胃之土畏肝木之旺，不敢去生肺金，则肺金转衰，不敢制肝木之犯，而木愈侮土矣。肾经之水，所以生肝木也，而肾水畏脾胃之土燥，不敢去生肝木，则肝木更凋，不能制脾胃二土之并，而上愈制水矣。见其生而制其克，则生可全生，忘其克而助其生，则克且更克。此医道之宜知，而用药者所宜究心也。
何以见克畏生而不敢克乎？金克木也，肺金之克肝，又何畏于肾之生肝乎？不知肾旺则肝亦旺，肝旺则木盛，木盛则肺金必衰，虽性欲克木，见茂林而自返矣，故木衰者，当补肾以生肝、不必制肺以扶肝。
木克土也，肝之克脾，又何畏于心之生脾乎？不知心旺则脾亦旺，脾旺则土盛，土盛则肝木自弱，虽性思克土，遇焦土而自颓矣，故土衰者，当补心以培土，不必制木以救土。土制水者也，脾之克肾，又何畏于肺之生肾乎？不知肺旺则肾亦旺，肾旺则水盛，水盛则脾土自微，虽性欲制水，见长江而自失矣，故水衰者，当补肺以益水，不必制土以蓄水。水制火者也，肾水之克心，又何畏肝之生心乎？不知肝旺则心亦旺，心旺则火盛，火盛则肾水必虚，虽性喜克火，见车薪而自退矣，故火衰者，当补肝以助心，不必制水以援心。火制金者也，心之克肺，又何畏脾之生肺乎？不知脾旺则肺亦旺，肺旺则金盛，金盛则心火自衰，虽性欲克金，见顽金而难 矣，故金衰者，当补土以滋金，不必息火以全金也。此五行之妙理，实医道之精微。能于此深造之，医不称神，未之前闻也。
 
《外经微言 卷一  阴阳颠倒篇》陈士铎
黄帝闻广成子窈窈冥冥之旨，叹广成子之谓天矣。退而夜思，尚有未获。遣鬼臾区问于岐伯天师曰：帝问至于广成子，广成子曰：至道之精，窈窈冥冥；至道之极，昏昏默默。无视无听，抱神以静，形将自正。必静必清，无劳汝形，无摇汝精，无思虑营营，乃可以长生。目无所见，耳无所闻，心无所知，汝神将守汝形，形乃长生。慎汝内，闭汝外，多知为败。我为汝遂于大明之上矣，至彼至阳之原也。为汝入于窈冥之门矣，至彼至阴之原也。天地有官，阴阳有藏，慎守汝身，物将自壮。我守其一，以处其和，故身可以不老也。天师必知厥义，幸明晰之。岐伯稽首奏曰：大哉言乎，非吾圣帝安克闻至道哉。帝明知故问，岂欲传旨于万祀乎，何心之仁也！臣愚，何足知之。然仁圣明问，敢备述以闻。窈冥者，阴阳之谓也。昏默者，内外之词也。视听者，耳目之语也。至道无形而有形，有形而实无形。无形藏于有形之中，有形化于无形之内，始能形与神全，精与神合乎。鬼臾区曰：诺，虽然，师言微矣，未及其妙也。岐伯曰：乾坤之道，不外男女。男女之道，不外阴阳。阴阳之道，不外顺逆。顺则生，逆则死也。阴阳之原，即颠倒之术也。世人皆顺生，不知顺之有死；皆逆死，不知逆之有生，故未老先衰矣。广成子之教示帝行颠倒之术也。鬼臾区赞曰：何言之神乎。虽然，请示其原。岐伯曰：颠倒之术，即探阴阳之原乎。窈冥之中有神也，昏默之中有神也，视听之中有神也。探其原而守神，精不摇矣。探其原而保精，神不驰矣。精固神全，形安能敝乎。鬼臾区覆奏帝前。帝曰：俞哉，载之《外经》，传示臣工，使共闻至道，同游于无极之野也。
陈士铎曰：此篇帝问而天师答之，乃首篇之论也。问不止黄帝，而答止天师者，帝引天师之论也。帝非不知阴阳颠倒之术，明知故问，亦欲尽人皆知广成子之教也。